Cho đến nay, người ta đã hoàn toàn công nhận rằng có tồn tại trong cơ thể các tế bào lymphô tự phản ứng. Còn các tự kháng nguyên phản ứng với các tế bào này như thyroglobulin chẳng hạn, trước đây được coi như ẩn núp trong tuyến giáp không tiếp xúc với hệ miễn dịch thì đến nay được biết là cũng có mặt trong hệ tuần hoàn cùng với các lymphô. Do đó tự kháng nguyên lẫn tế bào lymphô tự phản ứng đều có điều kiện tiếp xúc với nhau ở người bình thường. Điều này có nghĩa rằng, ở người bình thường đã có một cơ chế ngăn cản phản ứng tự miễn. Và tế bào T ức chế được xem như có vai trò quan trọng trong việc ức chế tính tự phản này.
Hình mô tả một cơ chế mà trong đó sự kiểm soát bình thường đối với tính tự miễn bỏ qua, người ta gọi đó là cơ chế đường tắt (bypass). Hoạt động kiểm soát bình thường trong cơ thể được đảm trách bởi nhiều loại tế bào ức chế tạo nên một phức hợp ức chế do tế bào T phụ trách. Tuy nhiên, khi có sai sót xảy ra cho tế bào T ức chế thì phản ứng tự miễn có thể xuất hiện.
Điều thú vị là trên lâm sàng người ta đã tìm thấy những người có quan hệ họ hàng với bệnh nhân SLE có sai sót ở các tế bào T ức chế. Điều này nói lên rằng: một là, sự sai sót ở tế bào T ức chế không phải là hậu quả của bệnh, và hai là, tình trạng sai sót này không thể tự nó gây ra bệnh SLE. Điều này cùng với những điều đã đề cập trên đây chứng tỏ rằng có nhiều yếu tố đã tham gia gây bệnh tự miễn. Đồng thời,cũng từ đó, có thể suy thêm ra rằng, những bất thường của tế bào T điều hòa đặc hiệu kháng nguyên hoặc đặc hiệu idioptyp cũng đã tham gia vào cơ chế gây nên.
Trên một số thí nghiệm người ta phát hiện rằng một số phân tử thụ thể trên bề mặt tế bào bình thường có tính chất “im lặng” miễn dịch vì màng những tế bào này không có kháng nguyên MHC lớp II; nhưng khi được kích thích một cách thích hợp thì có thể xuất hiện sản phẩm MHC lớp II. Ví dụ tế bào tuyến giáp có thể tạo phân tử HLA-D khi được kích thích bằng các lectin thực vật và các phân tử này cùng với các thụ thể bề mặt đã kích thích các tế bào T tự phản ứng tạo ra phản ứng tự miễn đối với thụ thể tế bào tuyến giáp.
Người ta cũng đã đưa ra nhiều cơ chế khác về sự hình thành bệnh tự miễn. Các cơ chế đó được minh họa.
Hình. Bệnh tự miễn do mất kiểm soát phản ứng tự miễn.
Tế bào B tự phản ứng, tế bào T hiệu quả và tự kháng nguyên bình thường vẫn có mặt trong cơ thể nhưng không được khởi động nhờ sự ức chế của tế bào Ts đối với tế bào Th tương ứng. Khi có một nguyên nhân gí đó hoạt hóa tế bào Th này hoặc có tế bào chống Ts (Tcs) xuất hiện thì phản ứng tự miễn không còn bị kiểm soát nữa và bệnh tự miễn xảy ra.
Đặc biệt, Hình minh họa một ví dụ thú vị là mạng idioptyp có thể tham gia gây bệnh tự miễn bằng cách tác động vào tế bào T hoặc tế bào B tự phản ứng có mang idioptyp chung phản ứng chéo với idioptyp trên một kháng thể được tạo thành do kích thích của vi sinh vật hoặc phản ứng chéo với cấu trúc kháng nguyên trên vi sinh vật. Nhưng, ngay cả trong trường hợp này, phản ứng tự miễn cũng vẫn không xảy ra nếu không có sai sót ở mức tế bào T ức chế và điều này lại một lần nữa nhấn mạnh vai trò đa yếu tố trong việc thiết lập một phản ứng tự miễn kéo dài.