Theo các bác sĩ, các biểu hiện đỏ, loét trên da, trong miệng do virus rất dễ bị nhầm lẫn sang các bệnh khác, nên cách phân biệt bệnh TCM như sau: Tuổi người bệnh mắc bệnh TCM hay gặp nhất ở trẻ dưới 10 tuổi. Các triệu chứng bắt đầu bằng sốt cao và đau họng, sau đó các vết loét phát triển trong miệng của trẻ, tiếp theo là các nốt phát ban ở bàn tay và bàn chân. Biểu hiện của các nốt đỏ trên da nhỏ hơn nốt thủy đậu và thường có màu sắc, kích thước và hình dạng khác biệt. Có thể khẳng định (hoặc loại trừ) bệnh TCM bằng cách dùng tăm bông quệt vùng da, họng hoặc trực tràng của người bệnh và mang xét nghiệm.
Với trẻ em,có thể dùng mẫu phân. Phần lớn các trường hợp bệnh TCM không cần vào viện vì triệu chứng sẽ hết trong vòng 7 ngày mà không cần điều trị. Tuy nhiên, nếu trẻ có các dấu hiệu mất nước, không đi tiểu nhiều như bình thường; Các triệu chứng của trẻ không cải thiện hoặc nặng lên sau 7 ngày; Trẻ có những triệu chứng thay đổi tình trạng tâm thần, co giật, thay đổi tính cách và hành vi... thì cần đưa trẻ đến ngay cơ sở y tế.
Cách tốt nhất là thực hiện các biện pháp phòng chống triệt để: Người bệnh được cách ly, trẻ em không đến nhà trẻ, trường học trong tuần đầu tiên của bệnh, đeo khẩu trang khi tiếp xúc với người khác. Phân và chất thải của bệnh nhân phải được khử khuẩn bằng Cloramin B; quần áo, chăn màn, dụng cụ của bệnh nhân phải được khử khuẩn bằng đun sôi, ngâm dung dịch Cloramin B. Vệ sinh cá nhân, rửa tay bằng xà phòng (đặc biệt sau khi thay quần áo, tã, sau khi tiếp xúc với phân, nước bọt). Rửa sạch đồ chơi, vật dụng, lau sàn nhà bằng dung dịch khử khẩn. Khuyến cáo các trường học khi có từ 2 trẻ trở lên trong một lớp bị mắc bệnh trong vòng 7 ngày thì cho cả lớp nghỉ học từ 10 - 14 ngày kể từ ngày khởi bệnh của ca cuối cùng và xử lý tốt môi trường không để dịch bùng phát và lan rộng cho cộng đồng.