Cục ATTP (Bộ Y tế) và Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản (Bộ NNPTNT) là cơ quan đầu mối, tổ chức việc cấp giấy xác nhận. Mục đích của Thông tư 13/2014 là hướng dẫn cho dân biết quy định về ATTP, giúp người dân hiểu và thay đổi hành vi để khi chế biến thực phẩm an toàn hơn. Tuy nhiên, không ít người quan ngại với hàng vạn hộ bán cơm bình dân, bún chả, xôi,… hiện nay và từ các nhà hàng, khách sạn đến nững đối tượng bán hàng rong (cháo, cơm nắm, bánh mì xe đẩy…) thì thông tư này khó có tính khả thi với các lý do: Chủ sơ sở, người chế biến phải được địa phương yêu cầu học kiến thức về ATTP (cơ sở, người chế biến phải gắn với một địa phương), kiến thức được học chưa chắc đã áp dụng với tất cả các cơ sở hoạt động trong lĩnh vực ăn uống… Vì vậy, có thể người đi học chỉ vì mục đích được cấp giấy xác nhận đủ điều kiện ATTP, còn để có được kiến thức thực tế thì “khó áp dụng”. Nhiều chuyên gia cho rằng: Để quản lý ATTP, quan trọng nhất là xây dựng mô hình chuẩn, nhưng Việt Nam lại chưa có. Nếu chỉ hướng dẫn chung chung thì người dân khó có thể triển khai.
Còn người tiêu dùng thì đặt câu hỏi trong lúc ngay kể cả siêu thị, trung tâm thương mại là nơi bán hàng theo mô hình kinh doanh hiện đại còn bị phát hiện bánh đúc có hàn the, thịt gà quay từ gà thải loại... thì việc quản lý các quán hàng cóc, hàng ăn vỉa hè vào khuôn khổ không khác gì bắt cóc bỏ đĩa. Để những quy định, thông tư đi vào cuộc sống cần cụ thể hóa và có sự hỗ trợ hợp lý cho các đối tượng thực hiện, tránh người đi học phải bỏ học phí mà hiệu quả chỉ nằm ở trên giấy.